인제대학교 백병원은 일제시대인 1941년에 설립된 백외과의원(白外科醫院)에서 비롯되었다. 경성의학전문학교 주임교수로서 저명한 외과의사였던 백인제(白麟濟) 박사는 1932년에 현 서울백병원 자리에 있던 우에무라외과의원을 인수하여 백외과의원을 개원하였다.
1946년 12월 백외과의원은 우리나라 최초의 재단법인화를 통해 개인병원으로는 할 수 없는 교육ㆍ연구ㆍ진료가 삼위일체를 이루는 공익법인병원의 길을 열었다. 

한국전쟁 중에 설립자인 백인제 박사가 납북되었으나 생질 백낙환(白樂晥) 박사를 비롯한 후학의 노력으로 백병원은 입지적 여건, 병원의 규모, 의료진의 실력 등 모든 면에서 국내 최고의 외과병원으로 위치를 차지하고 있었다.
1960년대 서울에 현대화된 대규모의 종합병원들이 들어서기 시작하자 일본식 낡은 건물을 개조해 쓰던 백병원은 점차 경영상의 어려움에 직면하게 되었다. 이에 당시 원장이었던 백낙환 박사는 1967년에 재건계획서를 작성하여 병원경영의 자구책을 마련하고 종합병원으로 비약하기 위한 장기계획도 수립하였다. 1970년 7월 서독에서 의사생활을 하고 있던 백인제 박사의 장남 백낙조 박사도 귀국하여 백병원의 재건에 힘을 합쳤다. 

1972년 3월 백병원재건계획이 열매를 맺어 16개과 150병상의 현대식 종합병원으로 발족하였으며 이후 1979년 부산백병원 개원과 인제의과대학 개교를 통해 진료ㆍ교육ㆍ연구를 병행할 수 있는 토대를 구축하였다.

인제대학교 백병원은 서울백병원과 부산백병원을 구심체로 상계ㆍ일산ㆍ동래의 5개 병원에 3,000여 병상을 갖춘 대한민국 굴지의 대학병원으로 성장하기에 이르렀고 현재 1,004병상 규모의 해운대백병원 개원을 준비하고 있다.